مرتضی کاظمیان در یادداشتی تحلیلی نحوه تعامل جمهوری اسلامی با علوم انسانی را بررسی کرده و به عداوت دیرین تفکر حاکم با انواع رشته‌های این حوزه پرداخته است. او در این یادداشت بر نقش علی خامنه‌ای در تلاش برای به محاق بردن فعالان این عرصه تاکید کرده و نوشته خامنه‌ای بانی و پیگیر دور جدیدی از فشار بر رشته‌های علوم اجتماعی در ربع قرن گذشته بوده است و بعد از کنشگری اعتراضی جنبش‌های دانشجویی از تیر ماه ۱۳۷۸، بارها علیه علوم انسانی سخن گفته و خواستار تغییر محتوای دروس آن شده. کاظمیان بر نقش جامعه‌شناسانی همچون سعید مدنی در بیین و پیشبرد جنبش‌های اجتماعی تاکید کرده و نوشته :«دکتر سعید مدنی، جامعه‌شناس زندانی را می‌توان شاهدی برجسته از نحوه برخورد حکومت اقتدارگرا و ایدئولوژیکی دانست که به جامعه‌شناسی نیاز ندارد و جامعه‌شناسان مستقل و منتقد را سرکوب و قربانی می‌کند.»