بعد رسالة أبي محمد المقدسي التنظيرية "ملّة إبراهيم" خرج بآرائه إلى التطبيق العملي ليستثمر خبرته في العمل الحركي والتنظيمي مع جماعة محمد سرور، وسمعة جهاديّة قصيرة حصدها في أفغانستان وباكستان وتحديدًا في معسكرات القاعدة وعبد الله عزام، ليعود إلى الأردن وتبدأ معها مرحلة تكوين التنظيمات.ترجم ذلك أولاً في الكويت إلى تفجير مركز الفنون الذي يملكه الفنان عبد الحسين عبد الرضا في العام 1991، ثم تشكيله مع أبي مصعب الزرقاوي في الأردن عام 1993 ما عرف باسم تنظيم "بيعة الإمام".بعد احتلال أفغانستان عام 2001 والعراق عام 2003، تحول المقدسي وبمساعدة من الزرقاوي إلى مفت ورمز تنظيري لكل الجماعات المسلحة التي حاولت أن تستخدم الإرث السلفيّ لتكوين جماعات قتالية مسلحة على غرار الزرقاوي ومن بعده تنظيم داعش.مع بداية ما عرف بالربيعِ العربي برز دور عصام البرقاوي من جديد، ولكنه لم يحافظ على خط واحد مع التنظيمات المسلحة الإسلامية الراديكالية في سوريا والعراق لانحرافها عن ترجمة "ملة إبراهيم" كما خطّها المقدسي.